肝膽管結(jié)石中的膽結(jié)石通常有兩種類型：膽紅素鈣結(jié)石（棕色色素結(jié)石）和膽固醇結(jié)石。膽固醇結(jié)石僅占所有肝內(nèi)結(jié)石的 5.8-13.1%；大多數(shù)是膽紅素鈣結(jié)石，它比肝外膽管中的類似結(jié)石含有更多的膽固醇。這表明肝內(nèi)結(jié)石的發(fā)病機(jī)制不僅涉及膽紅素酸鈣的沉淀，還涉及膽固醇代謝的改變。

據(jù)推測(cè)，膽管狹窄和β-葡萄糖醛酸酶產(chǎn)生細(xì)菌感染在膽紅素沉淀和膽紅素鈣結(jié)石形成中起關(guān)鍵作用，這些結(jié)石是原發(fā)性肝內(nèi)結(jié)石，主要見(jiàn)于東亞國(guó)家。相比之下，西方的肝膽管結(jié)石主要是由膽固醇組成的繼發(fā)性結(jié)石引起的，與膽道狹窄、淤滯和細(xì)菌感染幾乎沒(méi)有關(guān)聯(lián)。后天或先天性代謝因素，在膽固醇肝膽管結(jié)石的發(fā)展中起協(xié)同作用。值得注意的是，肝膽管結(jié)石在左葉更為常見(jiàn)，因?yàn)樽蟾喂芘c膽總管以銳角匯合，當(dāng)與膽道狹窄相關(guān)時(shí)，往往會(huì)誘發(fā)膽汁淤滯。