尿結(jié)石的形態(tài)及晶體結(jié)構(gòu)有著多種差異性，同一化學(xué)成分的結(jié)石有著結(jié)晶結(jié)構(gòu)的差異。草酸鈣是人類結(jié)石的主要成分，以兩種不同的化學(xué)和晶體學(xué)形式結(jié)晶：一水合物和二水合物結(jié)構(gòu)的復(fù)合物。草酸鈣是一種二羧酸(草酸）的鈣鹽。晶格中水分的差異決定不同的晶體結(jié)構(gòu)，不同的生長形態(tài)，不同的晶體表面的原子結(jié)構(gòu)，以及不同的生物學(xué)活力。其次的主要結(jié)石成分的分類是磷酸鹽。在結(jié)石中有四種磷酸鈣鹽及兩種磷酸鎂鹽。磷酸鈣鹽隨鈣/磷比例，羥基/氫離子含量，以及晶格中水分而變化。磷酸鎂鹽隨銨或氫離子，和晶格中水分的差別而有所不同。

• 草酸鈣結(jié)石

一水合草酸鈣結(jié)石通常較硬，咖啡色，經(jīng)常具有暗灰色的外觀。切開時，這些結(jié)石從楔形巢以輻射形狀生長，末端較圓形成比較光滑的外觀。二水合草酸鈣純二水合結(jié)石通常較小，圓形，由黃褐色或黃色的盤狀物串組成。盤狀物尖銳，以各種方式排列。一水合/二水合混合結(jié)石常常具有更多的二水合結(jié)石的特征，主要的原因是二水合結(jié)石更易出現(xiàn)在混合結(jié)石的表面。這些結(jié)石一般比單純二水合結(jié)石要大，圓形，黃色的盤狀物串包繞堅硬的咖啡色內(nèi)核表面。盤狀物尖銳，以各種方式排列。偶爾內(nèi)核呈淺棕色，具有顆粒狀。

• 磷灰石

純磷灰石結(jié)石通常較小，白色，具有非常細(xì)膩的顆粒狀表面，及柔軟的白色粉筆樣內(nèi)核。偶然，這些結(jié)石也具有淺棕色，光亮的表面。最常見的結(jié)石是磷灰石，或一水合草酸鈣及二水合草酸鈣的混合物，通常光滑，圓形，表面呈淺棕色的盤狀外觀。內(nèi)部的切面通常呈白色和淺棕色的層狀結(jié)構(gòu)。常?？梢钥吹?，乳頭管型位于結(jié)石的一側(cè)，磷灰石位于管型的內(nèi)，其原因是磷灰石一般是首先沉淀的晶體物。在乳頭管型的另一側(cè)通常可以看到二水合盤狀物。

• 鳥糞石

純鳥糞石通常是米色到淺棕色，具有粗糙的外在質(zhì)地。結(jié)石的內(nèi)部切面呈白色的同心圓狀，偶爾內(nèi)部見有白色多孔的顆粒樣物質(zhì)。鳥糞石常常生長成鹿角形狀。鳥糞石/磷灰石混合結(jié)石通常呈淺棕色，粗糙的顆粒樣外觀。內(nèi)部通常具有白色和淺棕色的層次。

• 透鈣磷石

純透鈣磷石通常是米色，小節(jié)樣物質(zhì)成串包繞菜花樣的晶體內(nèi)部。偶爾，表面呈黃色或白色。

• 尿酸結(jié)石

尿酸結(jié)石呈圓形，具有光滑的橙黃色表面。切面內(nèi)部呈現(xiàn)為肉眼基本看不到的構(gòu)架的橙色同心圓。二水合尿酸結(jié)石的表面一般是深橙色，由小球形區(qū)域組成。結(jié)石的切面具有境界清楚的密集的同心圓灶，而同心圓由自結(jié)石中心放射狀的細(xì)針尖物組成。

• L-胱氨酸

純L-胱氨酸結(jié)石由非常小的黃色球狀物均勻組成。

• 基質(zhì)

基質(zhì)結(jié)石呈非晶狀，具有多種外觀和顏色。這類結(jié)石由尿液大分子及細(xì)胞膜碎片等多種有機(jī)分子組成。

• 其他結(jié)石

結(jié)石中也報道了其他物質(zhì)，包括磺胺甲惡唑，印地那韋，愈創(chuàng)甘油醚，氨苯蝶啶，5-氟胞嘧啶，黃嘌呤，2,8-二羥腺嘌呤，石膏，抗酸劑治療后的硅酸鹽。這些成分的生長形態(tài)通常易變。